1920年9月21日,年仅35岁的朱执信死于一场暗杀之中,他的生命被定格在最灿烂的年华,不禁令人扼腕嗟叹。在追随孙中山的过程中,朱执信一直是其左膀右臂一般的存在,他的死,令这位中华民国的缔造者痛若折手。
1920年夏,孙中山决心驱逐桂系军阀,“统一南方”。为此,朱执信于6月下旬再次被派赴漳洲,敦促驻扎该地的粤军西进讨桂。旋又不避艰险前往广州,联络国民党旧部和民军响应讨伐桂系军阀的行动。
1920年8月间,朱执信受孙中山派遣,参与“粤军回粤”之役,对付占据广东的桂系军阀。8月下旬,粤军攻抵东江一带,桂系军阀莫荣新将其主力全部调至前线增援。粤军由于连续作战,十分疲劳,加上兵力还不及桂军,“忽遇强敌,全线为之一阻”。于是双方在东江流域的惠阳、河源、龙门一线呈胶着状态,谁胜谁负,难见分晓。
这时,朱执信旧部、虎门要塞的肇军表示愿意脱离桂军,要求他到虎门主持一切。为使粤军摆脱困境,朱执信冒险进入虎门。在他的策动和民军纷起的压力下,虎门要塞司令丘渭南宣布独立。
1920年9月21日,朱执信到虎门调停驻军与东莞民军冲突时被桂系军阀杀害。朱执信牺牲的消息传来,孙中山悲痛地说:“执信是革命的圣人”。“执信忽然殉折,使我如失左右手”。1920年12月15日,朱执信烈士灵柩由宝璧兵舰运回广州。1921年1月16日葬于广州东郊东沙马路驷马岗(即今先烈路),孙中山亲自步行执绋。