周自齐出身官员世家,即使曾经作为清末留美学生中的一员,受过西方教育,即使有着爱国的一面,仍然摆脱不了旧官僚思想的束缚。这一点从他拥护袁世凯复辟帝制、反对革命力量就可以看出来。
1912年出任山东都督,,期间极力反对日益发展的革命势力。他督鲁时期,虽然在政治上表现出了一点“民主”,但总体上是腐败的。周自齐在政治上的反动还表现在他积极支持袁世凯复辟帝制上。1914年12月23日,他参加了袁世凯在天坛导演的“祭天典礼”丑制。1916年6月袁世凯死后,周自齐被列为帝制祸首之一,被黎元洪通缉。但因消息走漏,周幸运地流亡日本。周才结束流亡生涯,从日本回国。周自齐获特赦后,又继续在北洋政府的几届内阁中担任要职。
1922年4月,他被大总统徐世昌任命为代理内阁总理兼教育总长,因徐世昌下台还代理了10天的大总统职务。大总统黎元洪复职后,周当了财政整理委员会的挂名职务。回国后筹办了孔雀电影制片公司。1923年10月,他在上海病故,移葬于北京西门头沟的九龙山。