因为坚决反对袁世凯复辟倒退,陈其美被袁所遣凶手暗杀于上海。这位曾经的青帮帮主、中国同盟会的元老,同时也是蒋介石的拜把子兄弟死后,竟陈尸三天,无人敢去认尸,只有蒋介石冒死为其收尸安葬。
1912年1月1日,孙中山在南京就任临时大总统,中华民国成立。浙督汤寿潜调任交通总长,浙人推举陶成章继任,光复会的领袖章太炎也通电举陶成章“代理浙事”。而陶成章本人力辞不受,在浙江派人征求他的意见时,他说“贤能者均可,唯陈其美不可”,并致电推荐革命党人蒋尊簋继任。由于陶成章在浙江籍人士中威信甚高,使陈其美入主浙江的图谋很难成功。于是,陈其美对陶成章由嫉生恨,而必欲置之死地而后快。
1912年1月13日,为巩固自己的领导地位,陈其美指使蒋介石将光复会领袖陶成章暗杀,后来又派人暗杀吴淞军政分府都督李燮和,“射李未中,其随身卫兵中弹死”。后来有人评论,在同盟会和光复会分合的背后,可以看到陈其美等同盟会人物以革命主角自居,不愿与光复会分享胜利果实。其实无论什么原因,都不能成为滥杀革命元勋的理由,从这些事情上也可看出,陈其美在上海和革命党内部树敌甚众。