五四期间,章宗祥备受凌辱,但是仍力保释放被捕的学生;而在抗日战争期间,他拒绝汪伪政权授予的高官厚禄。这样一位颇为正直的人物,生前身后,都因为“卖国贼”的帽子过得惨淡凄凉。
1903年(光绪二十九年)回国后,在北京京师大学堂任教,清廷赐进士出身。曾任法律馆纂修官、工商部候补主事、民政部财例局提调、宪政编查馆编制局副局长等职。
1909年(宣统元年)任北京内城巡警厅丞,曾参与审理谋刺摄政王载沣未遂案。
1910年(宣统二年)任法律编纂局编修、内阁法制院副使。辛亥革命后,受袁世凯派遣,随唐绍仪参加南北议和谈判。
1912年后任袁世凯总统府秘书、法制局局长、大理院院长等职。
1914年任司法总长。
1916年任驻日特命全权公使,在任期间,与当时的交通总长曹汝霖、前驻日公使陆宗舆勾结,在段祺瑞指使下,与日本政府秘密谈判,出卖国家领土与主权。
1918年与日本正式订立《中日陆军共同防敌协定》和《中日海军共同防敌协定》。
同年秋,在北洋政府总统徐世昌和国务总理段祺瑞授权下,一天内向日本签押了三笔共计6000万日元借款,把我国铁路、矿产及其他权益出卖给日本,“欣然同意”日本政府继续占领济南、青岛和控制山东的要求。
1919年初,代表北洋政府参加巴黎和会。当巴黎和会决定将德国在山东的权益归日本所有的消息传到我国时,激起全国人民极大愤怒。
4月中旬,从日本回国,中国在日留学生数百人赶到车站,怒斥其卖国行径。
1919年五四运动爆发,在全国人民的强烈抗议下,北洋军阀政府被迫于6月10日将曹、章、陆等免职。
湖州各界人民于6月召开大会,宣布开除章宗祥乡籍,宣告出族,并议决查封其家产。
1920年任中日合办的中华汇业银行总经理。
1925年任北京通商银行总经理。
1928年后,长期寓居青岛。
1942年3月任伪华北政务委员会咨询委员。不久,又任电力公司董事长。
抗日战争胜利后,留在上海,直至去世。