袁世凯曾经盛赞王士珍是“北洋第一军事人才”,的确,王士珍善操权谋,不仅为袁世凯出谋划策,而且在创立和推行近代化的军制方面出过不少力。后世称其为“北洋之龙”确实名副其实。
护法战争期间,段祺瑞气势汹汹地要武力统一南方,而冯国璋则主张和平解决,并排斥段祺瑞,段不得不于11月15日辞职。由于王士珍赞成冯国璋的“和平统一”政策,冯于19日任命王为北洋政府国务总理兼陆军总长。此时王士珍达到了他政治生涯的顶峰。
王士珍组阁后,段祺瑞通过报纸对王士珍内阁大肆攻击,又唆使新交通系进行倒阁活动。王士珍被迫于1918年2月“引疾告归”,冯国璋封其为德威上将军。两年后,王士珍辞去所有职务,退出了军政界。之后曾任月薪500元的北京电车公司董事长。
直皖战争、直奉战争时,王士珍多次以北洋元老身份出面调停。1928年5月,蒋、冯、阎向张作霖发动全线攻击。王士珍、熊希龄等人在北京发起和平运动,张作霖被迫退出北京,奉系军队临撤离时,骚扰北京百姓。各界公请王士珍当维持会会长,与各系军队联系、调停,维持北京社会治安,使百姓少受了兵灾。
1930年7月1日,王士珍因患肠福,病逝于北平,终年70岁。